I Cavalieri dello Zodiaco sono tutti delusi e amareggiati, in particolare Pegasus che è anche geloso del suo rivale in amore e decide di ribellarsi, ma viene subito malmenato da Atlas, sotto lo sguardo indifferente di Athena. Tornati a Nuova Luxor, i Cavalieri dello Zodiaco si lamentano della situazione, ma si rassegnano alla decisione di Athena. Pegasus ha una crisi di nervi e scappa via in lacrime.
Nel frattempo, Athena si è trasferita in Grecia nel Tempio della Corona e si sta divertendo con Apollo. Sirio si reca in Cina per avere qualche informazione. Libra gli racconta di quando Apollo è stato sconfitto da Zeus e gli altri dei. Stranamente, ora Zeus ha permesso ad Apollo di rinascere. In Grecia, Apollo sta suonando la lira in presenza di Athena inebetita, quando questa, ad un tratto, decide di ribellarsi e gli spezza una corda. Apollo si infuria e la ammazza sul colpo, facendola precipitare nella Valle della Morte. L'anima di Athena, privata della sua volontà, verrà trascinata fino ai Campi Elisi dove riposerà in pace.
A distanza, i Cavalieri dello Zodiaco avvertono che il cosmo di Athena è scomparso e si mettono a piangere. Capricorn e Aquarius, ancora fedeli ad Athena, si ribellano ad Apollo e combattono contro i suoi 3 cavalieri, ma vengono subito uccisi. Fish e Gemini si inginocchiano al cospetto di Apollo. Cancer è imboscato da qualche parte, incurante di questi eventi.
Pegasus è in crisi depressiva e raggiunge la Grecia da solo, senza i suoi amici. Non gli importa di sacrificarsi. Per sua fortuna, Sirio, Andromeda e Crystal sono sulle sue tracce, pronti a entrare in battaglia al suo fianco. Pegasus si imbatte in Atlas e viene facilmente messo fuori gioco, sia perchè Atlas è decisamente più forte, sia perchè è in crisi psicologica. Dopo essersi divertito un po' con Pegasus, Atlas se ne va lasciandolo moribondo a terra.
Sirio invece si batte contro il suo antico nemico, Cancer, che lo saluta con la sua tipica risata. Cancer ha deciso di allearsi con Apollo, che è più forte, fregandosene di Athena. Sirio lo attacca col Colpo Segreto del Drago Nascente, ma invano. Cancer contrattacca e lo colpisce con gli Strati di Spirito. Sirio finisce nella Valle della Morte, dove scorge l'anima di Athena che si sta incamminando insieme agli altri zombie. Cancer lo raggiunge e gli spiega che Apollo condurrà Athena nell'Elisio. Sirio, saputa la sorte di Athena, trova la forza per uccidere Cancer definitivamente. Ma, tornato nel mondo dei vivi, Sirio viene attaccato alle spalle da Berenice e cade in acqua svenuto.
Intanto, Andromeda incontra il suo antico nemico Fish, che si vuole vendicare della precedente sconfitta. Andromeda scaglia la Nebulosa, ma Fish riesce a schivare e a trafiggerlo con una Rosa Bianca. Andromeda sta per morire dissanguato, quando viene salvato da Phoenix, che gli estrae la rosa. Phoenix insulta Fish dicendogli che è un mostro, poi gli lancia un Fantasma Diabolico, col solo effetto di farlo irritare. Phoenix lancia le Ali della Fenice e Fish muore accidentalmente trafitto dalla sua stessa Rosa Bianca. Inaspettatamente, Phoenix e Andromeda vengono colpiti alle spalle da Atlas e cadono a terra svenuti, proprio come Sirio.
E' quasi sera e Pegasus viene raggiunto da Saga, che cerca di svegliarlo dalla crisi depressiva. Gli racconta che Athena si era alleata con Apollo, sacrificandosi, solo per proteggere loro. L'unico modo per salvare Athena è interrompere il flusso del cosmo di Apollo che la guida nell'aldilà. Rialzatosi, Pegasus combatte contro Gemini, ma viene di nuovo sbattuto a terra, dato che non ha più forza di volontà.
Crystal riesce ad arrivare al cospetto di Apollo, che gli chiede di costruire una bara di ghiaccio per Athena. Ovviamente, Crystal rifiuta e ingaggia battaglia contro Berenice. Gli attacchi gelati di Crystal sono inefficaci contro Berenice, in quanto cavaliere del sole. Berenice sconfigge Crystal con la Chioma di Berenice. Mentre è a terra inerme, Crystal si ricorda di sua madre, si rialza e riesce a uccidere Berenice. Poi cade a terra privo di forze.
Finalmente, Pegasus riacquista fiducia in se stesso e si rialza deciso a sconfiggere Gemini. Grazie al settimo senso, il Fulmine di Pegasus ha la meglio sulla Esplosione Galattica. Gemini cade a terra sconfitto e soddisfatto: il suo scopo infatti non era servire Apollo, ma risvegliare a Pegasus il settimo senso. I due vengono raggiunti da Jaol. Pegasus prosegue la corsa, mentre Gemini si batte contro Jaol con le ultime forze rimaste. Gemini sale in cielo insieme a Jaol e muoiono entrambi.
E' notte. In qualche modo, Crystal arriva da Apollo e combatte contro Atlas, l'ultimo rimasto. Atlas sta per dargli il colpo di grazia, ma viene salvato da Andromeda. Atlas sconfigge facilmente anche Andromeda, Phoenix, Sirio e persino Pegasus. I Cavalieri dello Zodiaco sono tutti a terra moribondi, Athena è prossima alla Bocca di Ade e Apollo si sta apprestando a distruggere il mondo.
I Cavalieri dello Zodiaco riescono però a espandere il cosmo fino al settimo senso, attirando le armature del Sagittario, della Bilancia e dell'Acquario. Andromeda e Phoenix, invece, restano a guardare. Dotati delle armature d'oro, Pegasus, Sirio e Crystal si scagliano insieme contro Atlas, uccidendolo.
Sirio e Crystal vengono subito sconfitti da Apollo. Pegasus cerca di attaccarlo, ma i suoi colpi vengono respinti ogni volta. Un uomo contro un dio non ha speranze, eppure Apollo prova una strana sensazione a vedere Pegasus così determinato. Alla fine, Pegasus finisce a terra privo di forze.
I Cavalieri dello Zodiaco espandono ancora il cosmo, loro ultima speranza, e riescono a farsi sentire da Athena. Il flusso di Apollo è interrotto e Athena si risveglia, tornando nel mondo dei vivi.
Apollo fa esplodere i vulcani: inizia la distruzione del mondo! Athena lo mette in crisi psichica negando la sua natura divina, in quanto non è completamente un dio, ma solo una reincarnazione. Pegasus tende l'arco, Apollo ha il malsano desiderio di essere trafitto da un uomo e infatti Pegasus riesce nell'intento.
Apollo muore sconvolto, il suo tempio crolla, i vulcani si spengono. Athena si mette in salvo coi suoi cavalieri e chiede loro perdono. Anche il mondo è salvo. Dalle rovine del tempio, spunta una lapide che ritrae Apollo e Athena da ragazzini, che giocavano felici. Lieto fine.